聖塞巴斯蒂亞諾地下墓穴所在的地方在古代是一個深深的窪地，用作火山灰採石場，被稱為 ad catacumbas（或“靠近洞穴”），這個名字已成為地下墓地的代名詞。

自一世紀以來，該遺址一直被大力開發和建造：地下畫廊被重新利用以獲得墓穴，然而，在地表上，建造了幾個骨灰安置所和至少兩個住宅系統（所謂的小別墅和大別墅））配備了引人注目的壁畫裝飾。

大約在第二世紀中葉，谷底被掩埋形成了一個斜坡，在斜坡的一側相繼建造了三座陵墓（克洛狄烏斯·赫耳墨斯、因諾森提奧雷斯、斧王）。

該區域被進一步埋葬，以便為特里利亞（triclia）的建造提供空間，特里利亞是一個以牆為界的門廊，牆上有許多塗鴉，向黨衛軍祈禱。西元 250 年左右，彼得和保羅在此地受到崇拜。

然後，君士坦丁皇帝在該地點建造了一座羅馬馬戲團形狀的大教堂（稱為“circiforme”）。

同時，早在三世紀，塞巴斯蒂安和尤蒂奇奧烈士墓所在的地下墓穴就開始在地下發展。