圣胡安奇托的历史与它所处的山脉的矿产有着千丝万缕的联系。
在西班牙人到来之前，今天的托鲁潘/贾卡克人的后裔小规模地开采了该地区的矿物质。在16世纪，西班牙人做了短暂的尝试，从该地区的山脉中提取矿石。他们利用土著居民作为劳动力，着手从山腰上提取金和银。但是，几年后，土著人民被深渊疾病和工作条件所破坏，以至于西班牙人没有可靠的劳动力来源，便挤满了家，搬到洪都拉斯其他似乎更可行的地方。