种族灭绝博物馆 (S-21) 是全国庞大监狱系统的中心枢纽，在整个时期被用作秘密设施，用于拘留、审讯、折磨和消灭那些被视为政权“政治敌人”的人。由于连坐罪政策，有时整个家庭都会被关押在该中心。1975 年至 1979 年期间，很少有囚犯被释放出监狱。金边解放后，只有 12 名前囚犯在 S-21 开放时幸存下来。其中四人是儿童。
1975 年至 1979 年间，红色高棉在柬埔寨种族灭绝期间建造了杀戮场。它位于市中心以南约 17 公里（11 英里），与吐斯廉拘留中心相连。红色高棉政权垮台后，从该地挖出了 8,895 名遇难者的尸体，这些遇难者原本会在那里被处决——通常用镐头来节省子弹——然后被埋葬在万人坑中。