修道院簡樸的白色外牆乍看之下仿如一座堡壘，牆內則是一個色彩繽紛的世界。這座 18 世紀宗教建築物的牆壁、天花及小聖堂內盡是水彩畫和壁畫。修道院是墨西哥最讓人敬畏的天主教場所之一，每星期都會吸引幾千名遊客前往參觀。
端詳水彩畫的細節時，您會看到許多有關耶穌基督生平和死亡的情節，以及西班牙征服新世界的部分歷史片段。畫中部分內容可能會讓人毛骨悚然，例如渾身是血的基督被死人和腐爛屍體包圍的景像。
天花板上的彩色水彩畫，描繪了耶穌死前最後幾日的情節，包括被釘十字架等。修道院創辦人奈理·阿爾法羅 (Neri Alfaro) 神父的繪畫墓誌銘設於主壇附近，而他的遺體則安葬在牆上的墓穴內。他建立的宗教制度之一是鞭打自己，目的是體會耶穌在前往十字架路上承受的苦難。這種自我鞭打的行徑後來由前往修道院的朝聖者傳承。
如果來到修道院，請注意一座源自 19 世紀，名為「我主與柱子」(The Lord of the Column) 的雕像。這個木雕像表現了耶穌被綁在柱上遭受鞭刑而滿身是血的情景。每一年的複活節前，當地人都會將雕像從修道院搬到聖米格爾德阿連德 (San Miguel de Allende)，作為複活節前的慶祝活動一部分。
小聖堂的裝飾物琳瑯滿目，包括位於主壇後方的門徒小聖堂 (Camarin of the Apostles)。這裡擺放了聖母瑪利亞，以及與耶穌基督最親近的追隨者雕像；而修道院的主教堂內，更有許多有關聖人、修道士、龍、蛇和惡魔等圖像。
修道院也是當地的歷史重地。有墨西哥「革命之父」之稱的米格爾·伊達爾戈 (Miguel Hidalgo) 在 1810 年，以修道院「瓜達盧佩的聖母」(Virgin of Guadalupe) 的旗幟作為革命軍旗幟的參考樣板。今時今日，您可以到聖器收藏室看到這面旗幟的復刻版。
阿他托尼科修道院位於阿他托尼科鎮，距離聖米格爾德阿連德約 9 英里 (14 公里)。遊客可選擇自駕，又或乘坐的士、巴士來訪。